Je geeft het antwoord al, de native player van Kodi.
Ga eens naar Instellingen > Speler > Video's en wijzig daar eens enkele settings om te zien of dat effect heeft.
Mogelijks moet je wel eerst de modus van basis, standaard of geavanceerd naar expert wijzigen.
Enkele zaken die je via een toggle kan wijzigen zijn:
aanpassen beeldscherm verversingsfrequentie
synchroniseer video met beeldschermfrequentie
Toestaan hardwareversnelling - VAAPI (en als het aan staat speciaal eens letten op MPEG2 aan of uit).
Je gaat een beetje moeten experimenteren met die zaken. Niet alles ineens wijzigen, slechts 1 item per keer.